Tři stovky pesticidních látek, mezi kterými jsou alachlor, acetochlor, chloridazon nebo metazachlor, můžeme nalézt v pitné vodě. Zasažena je více než polovina cenných zásob vody v České republice. I když mnohé z těchto látek patří v dnešní době mezi zakázané herbicidy, stále se v ložiscích vodních zdrojů nachází. Může za to jejich dlouhá doba rozkladu, díky které vydrží ve vodních ložiscích i několik desítek let.

Do zásob pitné vody se dostávají především díky zemědělství. Používají se k ochraně mnohých plodin, nejčastěji kukuřici, řepce nebo máku, kdy následně pronikají skrz půdu do podzemí. Podle odborníků z Ústavu pro hydrodynamiku Akademie věd ČR se čerpaná voda dostává na hranici upravitelnosti. Pro škodlivé látky sice platí určité limity, ale samotné pesticidy jsou určitou výjimkou. Jejich nejvýše přípustná hodnota je 500 ng/l. Ve skutečnosti, ale na lidský organismus působí v jakémkoliv množství.

Z vody se odstraňují velmi obtížně, zvlášť když je jich v neupravené vodě vysoké množství. Například v nádrži Švihov, ze které jde voda do úpravny Želivka pro zásobování hlavního města Prahy, jich bývá okolo 1000ng/l. Pesticidy se dají běžně odstranit aktivním uhlím. Pokud jsou ale ve vodě zároveň látky ze sinic, póry v uhlí se ucpou a pesticidy ve vodě zůstávají. Díky globálnímu oteplování, bude podle odborníků, sinic v nádržích přibývat. Dá se říct, že pak nastává boj člověka s přírodou.

Sinice produkují látky AOL – Algal Organic Matter, které vrcholí v době vodního květu. Vědci je chodí pro experimentální pokusy sbírat. AOL obsahují široké spektrum látek, které jsou toxické a při pokusech je odstranit způsobují poruchy technických procesů. Blokují srážecí proces, takže látky, které se mají vysrážet pro snadnější odstranění, zůstanou rozpuštěné a projdou dalšími filtry do další fáze úpravy vody. Komplikovaná situace nastává, pokud se dostanou až do poslední fáze úpravy vody. Při té se přidávají dezinfekční látky jako je chlor nebo ozon. Právě s chlorem neodstraněné AOL reagují, přičemž vznikají silně toxické látky, jako je chloroform.

Jeho vzniku se dá zabránit předúpravou vody manganistanem draselným. Je však otázka, zda úpravny vody takové zásahy vůbec dělají. V přístupu se totiž mnohé velmi liší. Některé využívají toho, že se vejdou do limitu a že jediný test na zjišťování organických látek, které musí povinně dělat, u látek ze sinic nefunguje. Celé situaci by zcela jistě pomohlo sjednocení kontrolních systémů úpravy vody v České republice a také změny v oblasti zemědělské produkce.